集計設定から部署ごとにご設定ください。手順は以下のとおりです。

▼手順
管理画面にログイン＞「勤務表出力」＞部署を選択＞「起算日からの1週間で40時間を超える労働を法定外残業に集計する」にチェックを付ける＞［登録］

▼ご注意点
初期設定ではチェックは付いていません。チェックを付けることで、起算日から1週間の労働時間（＝「休日労働」フラグが登録されている日は不可算、かつ、一日につき8時間までの労働時間）を合計して、40時間を超えた分を新様式の集計表で法定外残業時間に集計します。この設定は、起算日からの1週間が締め日をまたいだ週についても対象となります。
なお、当該設定は2023年7月13日のバージョンアップにより追加されました。これに伴い「所休労働」フラグの仕様が一部変更となっています。詳細はこちら。