はい、集計されます。集計設定の就業開始時間の3時間前までに出勤の打刻がされている場合、時間外勤務時間に含めて集計されます。
なお、新様式の集計表を出力する場合に限り、就業開始時間前の出勤打刻を、就業開始時間に丸めることもできます。その場合は、勤務表出力の集計設定で「打刻丸め」の「就業開始前」を「就業開始」に設定して、勤務表をご出力ください。就業開始前3時間までの出勤打刻が、就業開始時間に丸められます。

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法定外残業時間／時間外労働時間