以下のとおりです。

１．自社の「適格請求書発行事業者登録番号」を設定する
手順はこちらをご確認ください。

２．得意先に対する「税処理」の設定を確認する
税処理には「伝票計（伝票単位で計算）」と「請求時（請求単位で計算）」の2種類があります。※税処理の詳細はこちら。
得意先の請求方法によって変更の要否が異なります。

▼得意先の請求方法が「都度請求」の場合
設定の確認や変更は不要です。「伝票計」と「請求時」のどちらに設定している場合も、該当の売上伝票に対して税率ごとに1回の端数処理をします。

▼得意先の請求方法が「締め請求」の場合
「外税/伝票計」または「内税/伝票計」に設定している場合は、「外税/請求時」または「内税/請求時」へご変更ください。
変更手順はこちらをご確認ください。

※適格請求書の消費税額等に1円未満の端数が生じる場合は、一の適格請求書につき、税率ごとに1回の端数処理をする必要があるとされています。「締め請求」では一度の請求期間に複数の売上伝票を登録する場合があるため、税処理を「外税/請求時」または「内税/請求時」の設定にすることで適格請求書における消費税端数処理の要件を満たすことができます。