以下2点の設定が正しいか、ご確認ください。
1.会社データ管理(基本情報設定)画面で、支給手当項目の税対象のチェックが正しく設定されているか
2.従業員データの「所得税区分」と「扶養人数」が正しく設定されているか
確認の手順は以下のとおりです。
▼手順
1.会社データの確認と修正
「会社データ管理」>(有料版の場合は対象データの[編集・削除]>)「支給項目」の「税対象」の設定が正しいか確認>誤りがある場合は[編集]>内容を修正>[登録]>[OK]

※チェックが入っていない項目は、所得税の対象として計算されません。項目10は非課税交通費の固定項目のため、チェックを入れることはできません。
2.従業員データの確認と修正
「従業員データメニュー」>「従業員データ入力」>対象の従業員を[選択]>「所得税区分」と「扶養人数」が正しいか確認>誤りがある場合は[編集]>内容を修正>[登録]>[OK]

上記2点を修正した後に、給与明細入力画面で該当の従業員を表示し、[編集]>[再計算]>[登録]の順でクリックし、所得税の計算結果をご確認ください。
▼キーワード検索用
源泉税/給与明細入力
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