2019年9月30日までの請求書と、2019年10月1日以降の請求書の2枚を分けてご出力ください。
2019年10月に軽減税率対象品目の売上がある場合、通常通りに請求書を出力すると区分記載請求書等保存方式に則った請求書を出力できません。必ず、以下の手順で請求書を2枚出力して得意先にお渡しください。

▼手順
得意先の締め日が毎月20日、登録した売上伝票の日付が「2019年9月21日」と「2019年10月1日」の場合を例に説明します。
 

1枚目：2019年9月21日～2019年9月30日（2019年9月分）の請求書

請求書作成＞締年月日に「2019/09/30」と入力＞［検索］＞該当の得意先のみを選択＞［PDF出力］

2枚目：2019年10月1日～2019年10月20日（2019年10月分）の請求書（＝区分記載請求書等保存方式の請求書）

請求書作成＞締年月日に「2019/10/20」と入力＞［検索］＞該当の得意先のみを選択＞［PDF出力］

得意先には2枚の請求書をいずれも発行し、2枚目の「今回御請求額」に記載の金額を入金してもらうようお伝えください。2枚目の「今回御請求額」には、1枚目と2枚目の請求金額合計が記載されています。

参考：区分記載請求書等の記載方法等｜国税庁（P.68～P.70）