手順は以下のとおりです。なお、ここでは登録済みの会計データに対して設定する方法を例に記載します。

▼手順
「データ入力」＞「105 会計データ管理」＞「2 会計データ訂正」＞対象の会計データを選択＞「□ 少額特例」のチェックボックスにチェックを付ける＞［登録］＞［OK］

上記の手順で登録することで、仕訳（出納帳）データを入力する際に「控除」のガイドウィンドウに「5 少額特例（適格事業者）」と「6 少額特例（適格事業者以外）」が表示されるようになります。税込1万円未満の仕入に関わる仕訳を入力した場合、補助マスタや摘要辞書マスタの設定に応じていずれかのコードが「控除」に自動入力されます。

参考：少額特例とは？インボイス制度で知っておきたい負担軽減措置を解説｜株式会社フリーウェイジャパン