はい、反映されます。

従業員側の「年末調整データ入力システム」と管理者側のデータは連動しています。従業員が登録した内容は即時に管理者側の画面に反映され、管理者が登録した場合も同様に、即時に従業員側の画面に反映されます。

なお、従業員側でデータを編集できないようにロックする機能もあります。ロックする手順については、こちらをご確認ください。