以下の原因が考えられます。

・該当の「支給月」が年末調整の対象年度以外であるため（例：令和7年度（2025年度）の年末調整において、支給日が令和8年度（2026年度）以降のデータは読み込まれません）。

・該当年度における支給回数が14回目以降の給与データが登録されているため。


源泉徴収簿の月区分は「支給月」を基準にして、最大13回分の給与データが読み込まれます。なお、「支給月」以外（※計算月など）を基準としたデータ読込には対応していません。
参考：No.2668　年末調整の対象となる給与｜国税庁

例：「計算月が2024年12月、支給日が2025年1月25日」の給与データが登録されている場合は、源泉徴収簿（令和7年度分）の月区分1の支給月に「1」、支給日に「25」が読み込まれる。

（※同様に、例えば12回目の支給が「計算月が2025年12月、支給日が2026年1月25日」の場合、支給日の年度が異なるため源泉徴収簿（令和7年度分）には読み込まれません。）


また、1人の従業員に対して同一の月に複数の支給日で給与データを登録している場合は、月区分と支給月が一致しない場合があります。

例：支給日が「2025年1月25日」と「2025年1月30日」の給与データがある場合は、源泉徴収簿の月区分1には支給日が2025年1月25日のデータが読み込まれ、月区分2には支給日が2025年1月30日のデータが読み込まれる。