はい、消費税試算表で正しく計算されない場合があります。そのため、決算期の途中に課税区分を変える運用は、弊社では推奨していません。

参考：Q．消費税一括税抜処理をしたのですが、税込に戻すことはできますか。

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混在処理／税込処理／税抜処理