「勤務表出力」メニューの［集計設定］から変更できます。手順は以下のとおりです。

▼手順
管理ページにログイン＞「勤務表出力」＞「出力設定」内のプルダウンから、該当の部署を選択＞［集計設定］＞就業時間の開始と終了時刻を入力＞［登録］

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労働時間設定